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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿设备里常考的皮肤疾病之四。肾机构中CaOx晶状体过是处于饱和状态沉淀积累会出现肾小管細胞磨损和凋亡,故而出现肾结石的建成。短链皮下脂肪多酸由肠腔内厌氧食物发酵疾病食物发酵营养膳食钎维带来,不仅能在位置肠腔防线中挥发的角色,另外在设备层次上也挥发主要的角色。之中,丁酸是最多种多样的短链皮下脂肪多酸,有着抗感染和免疫抗体遏制的角色,本深入分析讨论丁酸对CaOx肾结石的的角色极其潜在性靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山三甲医院泌尿普外吴忠副教授、周子健博土于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠先生、周子健博土在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物工程与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网洛药剂学学服务于,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

小文章明称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 消费者企业单位:华山医院专家 论述喜欢的人:大鼠、HK-2细胞系 排列个人信息:对比组(Con)、三维模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱供给技巧:网络数据药剂学学检查

设想环节图

探究效果

设计员第一个构造 大鼠建模 ,在女性生理生物化学标准和阻止病理学学刺绣等设计伎俩挖掘丁酸需要避免CaOx建模 大鼠肾CaOx晶胞的型成和伤害,纠正CaOx建模 大鼠的慢性炎症伤害和防钝化物品的过快表达方式。除此以外,丁酸还可克制草酸促进的HK-2神经神经元伤害、防钝化应激状态和神经神经元凋亡。 为探求丁酸的结构类型和靶表观遗传网格,理论研究拜谱生物从PubChem提高丁酸和丁酸酯的二维和3d的结构类型(图1A)。经由PharmMapper资料库和Uniprot资料库净化处理后共挑选出114个丁酸靶表观遗传供进步概述。将表观遗传索引导入到STRING资料库,确定PPI网格概述。Cytoscape如下了去重复的前20的联络线靶表观遗传的详尽网格图,分为CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。此类联络线表观遗传与网格中的任何表观遗传均表現出一定程度的相应的性,是因为此类表观遗传将推动着协同作战意义。GO和KEGG概述探求了丁酸联络线表观遗传的相应的渠道和菌物学实用功能(图1C)。联络线表观遗传主耍与类固醇雌雄激素回复、空气防氧化应激反馈性回复、特异性氧癌细胞对类固醇雌雄激素有趣的发应包括对呈酸性耐腐蚀有机化合物的发应关于。与此同时上述一系列的,此类联络线表观遗传主耍进行了空气防氧化应激反馈性和对特异性氧的菌物发应具体步骤,是肾结石形成了机理中至关主要的渠道,这是因为丁酸将在肾结石中推动主要意义。

图1| 丁酸格局与靶遗传基因网络数据定量分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一大步深入的调查丁酸对CaOx肾结石确实切靶表观遗传,的调查专业者采用GEO信息表明库对GSE73680中身体相较比较与CaOx肾结石爱美者的表观遗传距离实行了的调查。相较比较组与CaOx结石爱美者的有效性距离展示表观遗传(DEGs)肿瘤筛查规定为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共建立到3783个表观遗传会发生有效变换,当中3379个(89.4%)表观遗传展示调整,404个(10.6%)表观遗传展示降低(图2A)。对DEGs实行聚类分析法阐述阐述,热图表明了前10个被选中DEGs的二维细化聚类分析法阐述基本特征(图2B)。然后,的调查专业者采用GeneCards信息表明库人工工资检测了370个几率与CaOx肾结石相应的的表观遗传,排列前20位的估计表观遗传下列关于相应的性评价如图是2C下图。重要性在于找寻到丁酸的治疗CaOx肾结石的重要性靶点,的调查专业者将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应的表观遗传操作得以一堆个Venn图。进而,CYP2C9被判定为丁酸引响CaOx肾结石的内在的靶点(图2D)。与此同时,的调查专业者还实行了丁酸与CYP2C9的碳原子合作,CYP2C9的多个安基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸相互间效用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在根据线上药学学预測CYP2C9是丁酸印象CaOx肾结石的靶dna后,分析工作人员还顺利通过血细胞核科学试验断定了CYP2C9可降低草酸帮助的HK-2血细胞核的ROS的水平、炎症病变磨损和凋亡。

图2| 大多据库联办定性分析分析预测CYP2C9是丁酸用于CaOx肾结石的靶表观遗传

研究探讨可是

本科学研究应当出现 丁酸在休外和自身均能克制CaOx肾结石实体模型的阳极硫化应激状态状态和发炎伤害,最终可以按照网临床药学学需求有丁酸后果CaOx肾结石的潜在性靶点——CYP2C9,最终可以按照神经上皮细胞实验设计确认CYP2C9在草酸盐诱导型的HK-2神经上皮细胞ROS横向、发炎伤害和凋亡。一些出现 取决于丁酸会可以按照克制CYP2C9来克制CaOx肾结石的阳极硫化应激状态状态,避免发炎伤害。此方式中拜谱怪物体带来了了网临床药学学水平性贴心提供服务,除此以外拜谱怪物体可从而提高旺盛期改善的遗传基因组学、蛋清质组学、细胞代谢组学等几组学护肤品及水平性贴心提供服务,感谢垂询了解! 可以参考论文参考文献:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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